Lara Schaffner wurde in Schaffhausen geboren. Nach der altsprachlichen Matura studierte sie von 2001 bis 2008 an der Musikhochschule in Luzern in der Klavierklasse von Yvonne Lang (Klavierlehrdiplom 2005) und danach in der Orgelklasse von Monika Henking (Orgellehrdiplom mit den zusätzlichen kirchenmusikalischen Fächern, sowie Orgelkonzertdiplom mit Auszeichnung und Edwin-Fischer-Gedenkpreis 2008).
Danach vertiefte sie ihre Kenntnisse der französischen Orgelsymphonik in einem Masterstudiengang bei Ben van Oosten am Konservatorium in Rotterdam/NL. Dieser Studiengang beinhaltete zudem einen Artistic Research zum Thema „Towards an interpretation of Le Chemin de la Croix by Marcel Dupré. Analysis, Reflection, Performance“. 2010 schloss sie diesen Master mit einem Konzert in der Kathedrale Basiliek Sint Bavo in Haarlem/NL „cum laude“ ab.
In den Jahren 2006 und 2007 war Lara Schaffner Preisträgerin des Studienpreises des „Migros-Kulturprozent“. Interpretationskurse in Haarlem und Leipzig (u.a. bei Olivier Latry, Louis Robilliard und Gillian Weir) gaben ihr wichtige Impulse.
Seit September 2013 ist Lara Schaffner als Hauptorganistin an der Stadtkirche Glarus tätig, wo sie auch die Konzertreihe „Faszination Orgel“ betreut. Von 2015 bis 2022 war sie zudem künstlerische Leiterin der Adventskonzerte in der Kirche St. Luzi in Chur. Sie tritt als Organistin solistisch und kammermusikalisch im In- und Ausland auf. Als Klavier- und Orgellehrerin unterrichtet sie u.a. an der Glarner Musikschule.